Tüp bebek Embriyo Transferi işlemi; Embriyolar yumurta toplama işleminden sonraki 2-6. günler arasında transfer edilebilirler. Transfer edilecek embriyo sayısı ve transfer günü embriyo sayı ve kalitesi, kadının yaşı ve daha önce tüp bebek denemesi olup olmadığı ve benzeri faktörler değerlendirilerek karar verilir.

Transfer işlemi muayene işleminden farksız olup genelde acısızdır ancak bazı hastalarda kramp şeklinde hafif ağrı olabilmektedir. Transfer öncesi anne adayının idrar torbasının kısmen dolu olması istenmektedir. Bu sayede transfer işlemi ultrason eşliğinde yapılabilmektedir. Klinisyen, vajinal bir spekulum kullanarak serviksi sabitler. Kültür medyumunda toplanan bir ya da daha fazla embriyo, ucuna enjektör bağlı olan uzun, ince steril bir tüp olan transfer kateterinin içine çekilir.

Klinisyen transfer kateterinin ucunu serviksten geçirerek, embriyoları içeren sıvıyı uterus (rahim) boşluğuna bırakır.
Anestezi gerektirmeyen bir işlemdir fakat bazı hastalar hafif sedasyonu tercih edebilmektedirler. Laboratuvar ortamında elde edilen embriyoların gelişimi uterus (rahim) içinde de devam ederse, embriyo kendisini çevreleyen ‘zona pellusida’ dan kurtulur (hatching) ve yumurta toplama işleminden 6-10 gün sonra uterus duvarına tutunur (implantasyon).